Historicamente, as origens de Juruá prendem-se à dos municípios de Tefé e Carauari. Habitavam a região do atual município de Juruá antiga Caitaú, grupos indígenas Meneruás, Maranás, Canamaris, Catuquinas, Catauixis entre outros.

Em meados do século XVII, é fundada a aldeia de Tefé, que transforma-se na sede de um município com grandíssima área territorial – ultrapassando os 500.000 km² – após a expulsão dos espanhóis da região e consolidação do domínio colonial português sobre a meso região do Rio Solimões. Vários desmembramentos desse território são feitos com o decorrer dos anos, originando diversos municípios.

João da Cunha Ferreira, a serviço do Governador Tenreiro Aranha, subiu o grande rio Juruá até a foz do Juruá-Mirim, em 1857. A partir de então, as visitas oficiais e colonização da região foram se processando mais assiduamente. O apogeu da borracha e a grande seca nordestina de 1877-1878 atraiu para as margens do rio Juruá milhares de nordestinos, fugidos da inclemência da seca. E foram eles os pioneiros do povoamento do Juruá.

Em 1911 é desmembrado o território que passa a constituir o novo município amazonense de Xibauá, que vê sua denominação ser alterada dois anos depois, em 1913, para Carauari. Estado Carauari e Tefé na situação de municípios vizinhos, este último passa a sofrer novos desmembramentos.

Assim sendo, em 19 de dezembro de 1955, através da Lei Estadual nº. 96, territórios e partes contíguas de Carauari e Tefé passam a constituir o novo município de Juruá, que tem sua sede localizada na então Paranaguá do Norte. A sede, Paranaguá do Norte, é elevada à categoria de vila, recebendo o nome de Juruá.

Por força da Emenda Constitucional nº. 12, Juruá perde parte de seu território em favor da criação do município de Tamaniquá.